Penyelenggaraan PS Informatika di bawah struktur organisasi FTI, dimulai bulan September 2003 pada awal tahun ajaran baru, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 1424s/D/T/2003. Dalam perkembangannya, PS Informatika terhitung tanggal 25 Agustus 2007 mendapatkan status “Terakreditasi B” melalui Surat Keputusan 047/Ban-PT/Ak-X/S1/XII/2012.

Pada tanggal 23 Agustus 2016, didirikan Fakultas Ilmu Komputer (FIK), berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Perguruan Tinggi No. 38 tahun 2015, yang membuat kedudukan organisasi PS Informatika dan PS Sistem Informasi berubah dari yang semula berada di FTI menjadi di bawah FIK. Seiring dengan perubahan tersebut, sehingga saat ini penyelenggaraan PS Informatika ditangani di bawah pengelolaan struktur organisasi FIK.